陈宇综

发布时间:2020-06-22  作者:  点击量:

 


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陈宇综 博士

教授

Email:chenyuzong@nbu.edu.cn

研究领域:

人工智能在生物医药领域的应用

生物信息学

化学信息学

中医药和天然产物研究

太空生物信息学和生物医药研究

计算机辅助药物设计



个人简介:

陈宇综,新加坡国立大学药学系教授,清华大学深圳国际研究生院肿瘤化学基因组学国家重点实验室副主任。1982年大连理工大学学士,1985年中科院理论物理所硕士,1989年英国曼彻斯特大学博士,1989-1996美国普渡大学博后,1997美国IONIS制药公司科学家,1997起新加坡国立大学助理教授,副教授,教授,2004-2005计算科学系主任 ,2010年至今清华大学深圳国际研究生院教授,2008-2013年任联合国工业发展组织高科技中心国际科学委员会委员。陈宇综教授长期从事AI药物设计,药物信息学,生物信息学,天然产物研究,是这些领域的世界知名学者。早在2002年起,率先将AI引入药物设计,生物信息学,中草药研究。此外,发明了反向对接药靶发现方法,创建了国际医药领域知名的TTD药靶数据库,应用生物网络原理揭示西药及草药的协同作用机理,发现了产药物种的扎堆规律。陈宇综教授20多年来以通讯作者在Nature Biotechnology, Nature Reviews Drug Discovery, Pharmacological Reviews, Trends in Pharmacological Sciences, PNAS等杂志发表240篇学术文章。2007年获新加坡国立大学杰出科学家奖。培养29 位博士有 5,1,1,5 人分别在美国的大学,新加坡国立大学,马来西亚大学,中国 985 高校任助理教授,副教授或教授,其中2人副院长,一人入选国家级人


教育经历:

1978.09-1982.07

大连理工大学,应用物理,学士

1982.09-1985.09

中科院理论物理所,硕士研究生

1985.10-1989.08

英国曼彻斯特大学,理论物理专业,博士研究生


1989.09-1996.08

英国普渡大学,博士后



 工作经历:

1996年9月-1997年2月美国Toledo大学物理系,访问助理教授

1997年2月- 1997年9月 美国ISIS制药公司科学家

1997年10月 -2005 年12月 新加坡国立大学计算科学系    助理教授,副教授

2000年1月 – 2010年12月  新加坡国立大学-美国麻省理工学院联盟研究员

2000年1月 – 2009年12月  新加坡国立大学生命科学建设委员会,生物工程学科建设委员会,计算生物学建设委员会,药物化学建设委员会成员

2004年1月-2005 年12月  新加坡国立大学计算科学系主任

2005年1月 - 今  任Journal of Pharmacology and Pharmacy,Letters in Organic chemistry, Current Proteomics, Proteins and Peptides Letters, Bioinformation, International Journal of Integrated Biology,等杂志编辑委员会成员

2006年1月 -2006年12月  新加坡国立大学药学系   副教授

2007年1月 – 今   新加坡国立大学药学系   教授

2008年9月 -2013 年8月  联合国工业发展组织高科技中心(International Centre for Sci & High Tech, UNIDO, Trieste, Italy)国际科学(顾问)委员会委员

2010年  国家重点计划人才入选者  B类

2013年3月-今 清华大学深圳研究生院 教授

2019年1月-2021年1月 宁波大学 包玉刚讲座教授

2021年2月-今 宁波大学新药技术研究院  教授


 荣誉和奖励:

2007年新加坡国立大学杰出科学家奖 Outstanding Scientist Award 2007, Science Faculty, National University of Singapore


 国际学术组织任职:

2008年-2013年  意大利 联合国工业发展组织高科技中心 国际科学委员会委员 (Member of    International Scientific Committee, International Centre for Sci & High Tech, UNIDO, Trieste, Italy)


国际学术会议重要报告:

1. Invited speaker, the 1st international conference on pharmacy education and research network of ASEAN. Bangkok, 2-4 December 2015

2. Invited speaker, ICS-UNIDO Workshop, Bangkok, 4-6 May 2009

3. Invited podium speaker, PSWC 2007 Pharmaceutical Sciences World Congress, Amsterdam, 23 April 2007

4. Invited speaker, Symposium on Chem Vision in Life Science, KRICT, Korea, 25 August 2006

5. Co-chair, platform session computational methods & molecular dynamics, 45th Annual Meeting of American Biophysical Society, Boston, USA. February 21, 2001.

6. Organizer and chair, Minisymposium in math modeling in molecular biology and drug design, Pacific Rim Dynamics Systems Conferences, Hawaii, USA. 9-13 August, 2000

7. Invited speaker, AIMECS'99 International Medicinal Chemistry Symposium, Beijing, China. 13 Sept. 199

8. Invited speaker, Annual meeting of American physical society, San Jose, USA. 24 March, 1995.


 主要学术成果:

发明了反向对接靶点发现方法

创建了国际医药领域知名的TTD药靶数据库

国际上率先将人工智能引进药物设计和生物信息学研究,应用机器学习方法建立药物毒理药代,药靶,活性分子,诊断标记物筛选工具

开创性的应用分子相互作用及生物网络调控原理分析西药及草药的协同作用机理

首次揭示了产药物种在物种空间的分布规律



科研项目:

1. 新加坡学术研究基金   “生物信息学新方法和数据库建设“ 1997-2003 累计 36万新币 (180万人民币)负责建立生物信息学平台,建立反向对接靶点发现方法,基于机器学习的蛋白质功能预测方法。

课题成员: 陈宇综,蔡从中,曹志伟,纪志梁,陈新,支德贵

2. 新加坡学术研究基金 2004-2013 累计65.3万新币(326万人民币)负责研究生物信号通路动态变化和药物对生物网络的影响,应用机器学习方法建立药物虚拟筛选工具和蛋白质功能预测工具,建立免疫多肽预测工具,建立药物信息和中药数据库。

课题成员: 陈宇综,李泽荣,薛英,韩涟漪,郑婵娟,林鸿煌,崔娟,李虎,朱峰,马晓华,贾佳

3. 新加坡-美国麻省理工学院联盟 2006-2009  45万新币(725万人民币)具体领导“纳米DNA分离装置模拟方法”的项目,和“生物网络动态模拟方法”的项目。

课题成员:陈宇综,李泽荣,薛英,李虎,绕含兵,涂炜旻

4. 新加坡国防研究所人工智能方法项目  2005-2007  11万新币(55万人民币)  具体领导“基于声纳和雷达信号识别可疑物体的方法”的项目。

课题成员:陈宇综,蔡从中, 孔春阳

5. 新加坡学术研究基金 2014-1017  18万新币 (90万人民币)负责进一步发展基于机器学习方法的多靶点药物筛选工具。

课题成员:陈宇综,马晓华,陶林,秦楚,陈尚英


代表性学术论文和专利:


主要文章简介:

1. 首次揭示了产药物种在自然界的分布规律,以及发现和优化药物先导化合物的有效途径,文章发表在Proceeding of National Academy of Sciences USANature Biotechnology,受到10多家国际科技媒体广泛报道。

2. 开创性的应用分子相互作用及生物网络调控原理对西药及草药的协同作用机理进行了深入分析,相关工作发表在 Nature Reviews Drug Discovery和Drug Discovery Today。

3. 开创性地应用机器学习方法建立大范围高速低假阳性的药物虚拟筛选方法和工具,相关工作发表在高水平的药理专业杂志Molecular Pharmacology 及计算机辅助药物设计专业杂志,一篇文章入选年度25最受欢迎的文章。

4. 首先建立公开药靶数据库并对药靶的特性做了深入分析,相关工作发表在Pharmacological Reviews,Drug Discovery Today,Nucleic Acids Research等杂志上。

5. 国际上率先将机器学习方法应用到药物靶点搜寻,相关工作发表在Trends in Pharmacological Sciences, Drug Discovery Today, Journal of Pharmacology & Experimental Therapeutics等杂志上。

6. 国际上率先将机器学习方法应用到药代及毒副作用预测。


相关技术国内外专利申请和授权情况:

1.  专利名称:电脑自动检测蛋白质和化合物核酸靶点的方法及装置

专利号:  US-06519611
有效期:   2021-05-07
专利权人:新加坡国立大学
发明人:  陈宇综
 授权: Intellectual ventures

   摘要:    对一个给定的蛋白质和核酸药物目标的自动检测方法及装置。这一发明在现有方法基础上的优点是其独特的药物靶标检测能力。相比之下,现有的计算机的方法是设计多个化合物进行筛选,以寻找一个或多个化合物,可以绑定到一个蛋白质或核酸,它们不是寻找药物靶点的能力。这种方法和装置的潜在应用包括对于未知的目标或药物,铅化合物和天然产物次要目标识别。它也可能有助于预测药物的副作用,对已确定的蛋白质或核酸的目标函数进行基础毒性预测分析。一个配体生物分子逆对接算法灵活停靠于一个数据库中的多个条目的生物分子配体腔。对接是通过匹配一个生物分子球体代表,在通过一个公开的矢量匹配算法的手段腔集群中的单个或多个原子配体构型领域。对接结构受结构优化为配体与蛋白质或核酸配体周围残基的侧链的影响。方法还描述了利用蛋白质和核酸的三维结构数据库条目的数据库自动生成一个生物分子腔。

2.  专利名称:生物、化学反应途径、生物分子、纳米分子模拟系统

专利号:  WO-2005031478
专利权人:新加坡国立大学
发明人:  陈宇综

摘要:    生物、化学反应途径模拟方法:准备至少一个生物或化学反应途径图;建设至少有一个具有约束力和反应的途径图方程组;建设至少一组浓度的分子通路图方程;建设相应的电子电路的每一个方程组;决定通过测量两个或两个以上的电路连接点的电压通路模拟。提供了生物分子的分子动力学系统,包括模拟的方法:建设一个生物分子或纳米分子系统分子的分子动力学方程组,构建一个电子电路,代表每一个方程组,确定通过测量两个或多个连接电压分子动力学模拟点的电路。

 

 人才培养:

培养的29个博士毕业生中有5,1,1,5人已分别在美国的大学,新加坡国立大学,马来西亚的马来亚大学,中国985高校拿到助理教授,副教授或教授职位,其中2人副院长,一人入选国家级人。


 

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